地下水数值模拟的软件非常丰富，如Modflow，Hydrus，Tough2，HST3D等等。

一般来说，水文地质专业学生或工作者常用的其实只有三款，即基于有限差分法的Modflow开发的GMS，Visual Modflow和基于有限元法开发的Feflow。

上述三款软件都是商业软件，优点是有稳定的交互界面，文档较齐全；缺点是收费（虽然大家用的是盗版为主）。

另外也有一些开源的，如ModelMuse，OpenGeoSys等等。

开源的问题就更多了，要么是模型丑陋，要么是还需要另外配置一大堆东西。

Flopy和GMS，Vistas Modflow一样，都是基于Modflow构建的。使用上，Flopy和一般的如Numpy，Pandas等模块异曲同工。

但是Flopy用的人太少了。作为小众地学下面一个小众分支，很少有中文资料能够参考。